新疆医科大学的前身新疆医学院，是国家“一五”计划156个重点项目之一。1954年7月，新疆医学院开工建设，在党中央关怀下，中央卫生部先后从北京、上海、山东、江苏、辽宁等15个省市抽调上百名教学、医疗、管理干部支援建设。1956年10月，新疆医学院开始招生。1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并，成立新疆医科大学。2016年8月，新疆维吾尔自治区人民政府、原国家卫生计生委、教育部联合印发《关于共建新疆医科大学的意见》，学校正式成为部委省共建高校。

学校现有2个主校区，下设26个院（部），有8所直属附属医院，7所非隶属附属医院。另有18所教学医院，95所实习医院，45所专业实习基地。

学校建立了完整的学士、硕士、博士培养体系，涉及医学、理学、工学、管理学、法学5个学科门类。现有5个一级学科博士学位授权点、3个博士专业学位授权点，14个一级学科硕士学位授权点、10个硕士专业学位授权点，4个博士后科研流动站、4个博士后科研工作站，4个学科入选自治区“十四五”重点学科建设序列。现有开设29个本科专业，其中有6个国家级特色专业、6个自治区级重点专业，9个国家级一流本科专业建设点，7个自治区级一流本科专业建设点，1个国家级人才培养模式创新实验区。临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学3个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学是新疆首个跻身ESI全球排名前1%的学科，最新千分位排名为2.07‰，药理学与毒理学、生物学与生物化学千分位排名分别为6.88‰和9.84‰。

2021年至今，学校各类科研项目2975项，获得经费102859.39万元。其中，纵向项目2662项，经费91552.25万元；横向项目313项，经费11307.14万元。获各级各类科技成果奖110项，其中省级科技成果奖68项。发表SCI论文1916篇，中文核心期刊论文3644篇，获得有效专利2485项，成果转让23项，转化合同金额约800万元。

学校现有国家级实验教学示范中心2个、国家级临床教学培训示范中心2个、国家级专业技术人员继续教育基地1个，自治区级实验教学示范中心5个、自治区级专业技术人员继续教育基地1个。有省部级及以上科研平台60个，其中国家中医临床研究基地1个，科技部省部共建国家重点实验室1个，科技部国家国际科技合作基地1个，国家临床医学研究中心分中心9个，省部共建教育部重点实验室1个，教育部高等学校学科创新引智计划1个，教育部国际合作联合实验室1个，教育部省部共建协同创新中心1个，教育部工程研究中心1个；自治区重点实验室18个，自治区临床医学研究中心13个，自治区工程技术研究中心2个，“十四五”自治区普通高等学校人文社会科学重点研究基地1个，自治区教育系统铸牢中华民族共同体意识研究与实践基地1个，自治区引才引智示范基地1个，自治区科普教育基地7个。

现有各类在校生35134人，其中全日制普通本专科生19898人（本科生19407人、专科生491人），硕士研究生5257人，博士研究生785人，专升本和专科层次继续教育学生8514人。

学校是自治区首批来疆留学高校示范基地、首批接受政府奖学金的高校，被教育部授予来华留学生教育先进集体，现有各层次学历教育留学生680人，已培养了来自印度、巴基斯坦、哈萨克斯坦等41个国家的2600余名国际学生。

学校专任教师1737人，其中博士、硕士学位1510人，占86.93%；高级职称908人，占52.27%；博士生导师418人，硕士生导师1426人。有全国高校黄大年式教师团队2个，国家级教学名师1人，全国模范教师1人，“长江学者特聘教授”1人，全国中医药高等学校教学名师1人，国医大师1人，全国名中医4人。有自治区级教学名师18人、教学能手15人。5人入选“百千万人才工程”国家级人选，37位专家享受国务院政府特殊津贴。“全国优秀共产党员”2人，“全国劳动模范”4人，“全国五一劳动奖章”获得者10人，“全国民族团结进步模范个人”1人。

学校所辖8所直属附属医院，6所为三级甲等医院，2所三级医院尚未评定等级。2024年4月，自治区设立新疆国际医疗中心（新疆国际医院），隶属新疆医科大学管理。8所直属附属医院总占地面积70.61万平方米，建筑面积151.43万平方米，总编制床位10020张，实际开放床位13747张。现有国家级重点专科26个，自治区重点专科97个，自治区临床研究中心18个。对口支援县级医院27所，覆盖9个地区、21个县市。与546所医院建立医联体协作关系，牵头组建78个专科联盟，搭建305个远程医疗协作网络。

第一附属医院连续四年获评三级公立医院绩效考核国家监测指标评价A+等级，稳居全国三级公立医院前10%、新疆第一，连续九年位居《中国医院排行榜（综合）》西北区第3名。第四附属医院在国家三级公立中医医院绩效考核前5%行列的基础上，持续保持国家公立医院国考前列。各附属医院集中优势、特色鲜明、错位发展、整体联动，形成了具有较高社会知名度和影响力的医疗资源集群。

学校不断加强与国内外知名高校的交流合作，与中南大学、吉林大学、北京中医药大学、中国药科大学、温州医科大学建立了全面对口支援协作关系，与复旦大学、中山大学、兰州大学等20余所大学建立了友好合作关系。与俄罗斯、日本、英国、法国、格鲁吉亚、乌兹别克斯坦、哈萨克斯坦等8个国家的54所大学、医疗及科研机构建立了友好合作交流关系。

学校总占地面积171.25万平方米（约2569亩），总建筑面积123.95万平方米，其中教学及辅助用房面积39.79万平方米。固定资产总值484710.68万元，教学科研仪器设备资产值42232.99万元。图书馆面积5.02万平方米，拥有纸质藏书总量为183.64万册，电子图书73.44万册，电子期刊76.01万册，学位论文1052.50万册，音视频5393小时，是中国高等教育文献保障系统（CALIS）省级中心主要成员馆之一，教育部科技查新工作站。学校充分利用物联网、云计算、大数据、泛在感知等信息技术推进“智慧校园”建设，校园内高速网络全覆盖。建有田径场、体育馆、游泳馆、风雨操场、室外球类运动场以及文创中心等多个文体场所。